Das BIFIE hat drei verschiedene Organe, um eine optimale Organisation garantieren zu können. Es sind dies das Direktorium, der Aufsichtsrat und der Wissenschaftliche Beirat. Zudem hat das BIFIE für die inhaltlichen Arbeitsbereiche (Managementaufgaben, angewandte Bildungsforschung, Bildungsmonitoring, Qualitätsentwicklung) Kompetenzzentren eingerichtet. Diese befinden sich in Graz, Salzburg und Wien.

• Dem Direktorium stehen zwei Direktoren vor. Die Bundesministerin für Unterricht, Kunst und Kultur, Dr. Claudia Schmied, hat mit 1. April 2008 DDr. Günter Haider und Mag. Josef Lucyshyn für eine Periode von fünf Jahren als Direktoren bestellt. Ihnen obliegt der Aufbau und die Leitung des BIFIE sowie die Vertretung nach außen.
• Der Aufsichtsrat des BIFIE besteht aus neun Mitgliedern. Vorsitzender ist BM a. D. Dkfm. Ferdinand Lacina, Stellvertreter ist Prof. Dr. Rudolf Bretschneider. Der Aufsichtsrat prüft und genehmigt sämtliche Dokumente, die vom Direktorium auszuarbeiten sind (Institutsordnung, Unternehmenskonzept, Dreijahrespläne, Jahrespläne).
• Neben diesen beiden Organen gibt es den Wissenschaftlichen Beirat. Dieser besteht aus sieben Expertinnen und Experten aus dem In- und Ausland. Vorsitzender ist Univ.-Prof. Dr. Helmut Fend, das Amt der Stellvertreterin hat Rektorin DDr. Ulrike Greiner inne. Die Aufgabe des Beirats besteht darin, das Direktorium und den Aufsichtsrat in Fragen der Bildungsforschung zu beraten. Er sichert somit die Anschlussfähigkeit an das nationale und internationale wissenschaftliche Niveau.

Das BIFIE erhält vom Bundesministerium für Unterricht, Kunst und Kultur für die Erfüllung seiner Aufgaben jährlich eine finanzielle Zuwendung in Höhe von 6,5 Millionen Euro.

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